เมื่อแบคทีเรียในลำไส้เสียสมดุล ความหลากหลายของประชากรแบคทีเรียน้อยลง ในขณะที่แบคทีเรียก่อการร้ายเพิ่มจำนวนขึ้น ส่งผลให้เกิดการเพิ่มขึ้นของสารพิษ Endotoxin จากแบคทีเรีย นำไปสู่การอักเสบในระดับโมเลกุล (Molecular inflammation) ผลที่ตามมาคือ ร่างกายจะดีต่ออินซูลินมากขึ้น และเก็บสะสมไขมันมากขึ้น
